Mit der Idee, in Südtirol eine Profi-Fußballmannschaft auf die Beine zu stellen und der anfänglichen Skepsis und Kirchturmpolitik zum Trotz, ist eine Unternehmergruppe im Jahre 1995 dieses ehrgeizige Unterfangen angegangen. Nachdem die Verhandlungen mit dem AC Bozen gescheitert waren, übernahm die Gruppe Unternehmer 1995 den SV Milland. Zum ersten Präsidenten wurde der Gsieser Hanns Huber gewählt. Der Verein wurde am 1. August 1995 offiziell vorgestellt.

In seinem ersten Jahr bricht der FC Südtirol sämtliche Landesligarekorde. Als bislang einzige Mannschaft gewinnt der FCS die Meisterschaft ohne Niederlage. Auch die Oberliga ist nach einem Jahr abgehakt. 16 Siege, 13 Unentschieden und nur eine Niederlage bedeuten am Ende mit 61 Punkten Platz 1 und den Aufstieg in die Serie D.

Bei der Vereinsvollversammlung wird der bestehende Ausschuss abgewählt und wenig späte rein neuer Ausschuss gewählt. Am 1. Juli 1997 wird Goller neuer Präsident. Horst Seebacher und Willi Gabalin werden zu Vize-Präsidenten ernannt. Dem Ausschuss gehörten weiters Sekretär Angelo Baldassarre, Maurizio Cavallo, Sepp Insam, Hermann Larcher und Engelbert Schaller an.

In der Saison 1999/2000 treiben Trainer Giuseppe Sannino und Kapitän Luca Lomi das Team zum Sieg der nationalen Amateurliga (Serie D). Das entscheidende Spiel in Mezzocorona gewinnt der FCS dank eines Treffers von Girlanda und feiert den Aufstieg in die Serie C2.

Mit dem Aufstieg in die Profiliga wird der FC Südtirol der nördlichste Profiverein Italiens. Der Aufstieg bedeutet gleichzeitig auch die Übersiedlung in die Landeshauptstadt Bozen, da das Drusus-Stadion das einzige Serie-C-taugliche Stadion des Landes ist. Der FC Südtirol eröffnet auch sein erstes Büro in Bozen, in der Avogadrostraße 6 und weiht ein Jahr später den neuen Vereinssitz in der Cadornastraße 9b ein. 

Im April 2006 wird der bisherige Generaldirektor Werner Seeber zum Präsidenten gekürt. Eine wichtige Neuerung ist der Eintritt von Dietmar Pfeifer. Er schafft es, neben der radikalen Sparpolitik Seeber’s, mit einem innovativen Marketingprojekt zahlreiche Sponsoren vom FC Südtirol zu überzeugen. Gemeinsam bringen sie den Verein auf eine stabile finanzielle Basis.
Zudem wird der Verein AFC Südtirol gegründet, welcher sich vor allem für den Jugendsektor einsetzt und der allen Südtirolern die Möglichkeit bietet Teil des FCS zu sein.

Der Klausner Walter Baumgartner wird am 28.03.2009 von der Gesellschafterversammlung zum neuen Präsidenten des FC Südtirol gewählt. Der ehemalige Landtagsabgeordnete und Präsident des Kaufleuteverbandes beerbt Werner Seeber, der drei Jahre lang den Verein geleitet hat. Die Geschicke der operativen Tätigkeit führt Dietmar Pfeifer als Generaldirektor, während Sportdirektor Luca Piazzi für die sportliche Abteilung verantwortlich ist.

Im Mai 2010 klappt es endlich. Trainer Alfredo Sebastiani, der die Mannschaft in der Vorsaison vor dem Abstieg bewahren konnte, wird zu Beginn der Saison als Trainer bestätigt. Der Plan ist es, aus den zahlreichen jungen Spielern und den bewährten Mannschaftsstützen, wie Fink, Mair, Fischnaller, Scavone, Pfitscher, Bacher, Kiem und Brugger ein erfolgreiches Team zu formen. Im letzten Meisterschaftsspiel gegen Valenzana wird der Mannschaft von mehr als 3.000 Fans im Drusus-Stadion der Rücken gestärkt. In der 69. Minute besiegelte Mattia Marchi durch einen sehenswerten Lupfer den lang erhofften Aufstieg in die Serie C1.

Der langersehnte Aufstieg in die Serie C1 endet im Drama. In den Playouts steht dem FC Südtirol Ravenna gegenüber. Das Hinspiel gewann der FCS souverän mit 1:0 und auch im Rückspiel schien alles unter Kontrolle. Bis sieben Sekunden vor dem Schlusspfiff – beim Stand von 1:1 – der FCS-Torhüter Davide Zomer eine Chance von Gegenspieler Lapadula entschärfte, doch anstatt den Ball anschließend auszuschießen, von einer Kurzschlussreaktion gefasst den Gegenspieler umrempelt. Das Ergebnis: rote Karte für Zomer und Elfmeter, welcher verwandelt wurde. Dieser Blackout verdammte den FCS in die Serie C2. Der Abstieg in Ravenna wird jedoch vom Verband durch den „ripescaggio“in die dritte Liga revidiert.

Unter Vecchi wird das weißrote Team, nach einer ausgezeichneten Saison und dank solider Leistungen vor allem im Drusus-Stadion von Bozen sogar Vierter und nimmt damit an den Playoffs teil. Das Aus kommt gegen Carpi, dem späteren Aufsteiger.

Unter Coach Rastelli besiegte der FCS in den Playoffs zuerst Como im Ko-Spiel nach Elfmeterschießen und daraufhin Cremonese. Doch mit dem Aufstieg sollte es nichts werden. Im Playoff-Finale zog man gegen Pro Vercelli den Kürzeren. Unvergessen das Rückspiel in Vercelli, in welchem das weißrote Team den besseren Fußball bot und schlussendlich aufgrund eines fehlenden Treffers nicht in die zweite Liga Italiens aufstieg.

Die Fußballsaison 2016/17 begann mit einer einschneidenden Neuigkeit für die vielen FCS-Sympathisanten: dem neuen Logo. Die Farben weiß-rot, die Rauten, der Ball und die Form bleiben auch im neuen Logo erhalten. Neu ist der Schriftzug Bolzano • Bozen, welche die Wichtigkeit zur Landeshauptstadt und dem Sitz unseres Clubs aufzeigen soll.
Mittelfeldspieler Hannes Fink, welcher kurz zuvor eine Vertragsverlängerung bis 2019 unterzeichnet hatte, wird ab sofort die Südtiroler als Captain auf den Platz führen. Es ist die 14. Saison beim FC Südtirol für den 27-jährigen Rittner.

Zu Beginn der Saison werden dem jungen, aufstrebenden Coach Paolo Zanetti die Geschicke der FCS-Profimannschaft anvertraut. Nach einer positiven Hinrunde, zünden Kapitän Hannes Fink & Co. in der Rückrunde den Turbo und landen schlussendlich auf dem 2. Tabellenplatz. Es ist das beste Meisterschaftsergebnis der Vereinsgeschichte. Im Playoff-Viertelfinale bezwingen die Weißroten Viterbese und steigen so in die 'Final Four' auf. Nach dem sensationellen 1 zu 0-Heimsieg im Hinspiel, setzt in Cosenza ein Treffer in der 94. Minute den FCS-Träumen ein Ende.

Bereits im Jahr 2012 ist die Entscheidung darüber gefallen, dass das Trainingszentrum des FC Südtirol in der Sportzone Rungg (Gemeinde Eppan) entstehen sollte. Die Bauarbeiten sind in der Folge in 4 Baulosen umgesetzt und das Trainingszentrum am 7. April 2018 offiziell eingeweiht worden. Das Trainingszentrum umfasst ein Dienstleistungsgebäude, 2 Naturrasenplätze, 2 große Kunstrasenplätze, sowie einen kleineren Kunstrasenplatz.

Im Sommer 2018 bezwingt der FC Südtirol im Italienpokal zuerst den Serie B-Verein Venezia und dann denn Erstligisten Frosinone. Dank dieser beiden Siege können die Weißroten Anfang Dezember im Turiner Olympiastadion gegen den FC Torino ran. Kapitän Hannes Fink & Co. spielen gegen den 7-fachen Italienmeister auf Augenhöhe und halten bis zum Schluss die Qualifikation für das Achtelfinale offen. Diese Niederlage kann wohl als die süßeste der Vereinsgeschichte bezeichnet werden.

Der 15. April 2019 wird in die Geschichte des FCS eingehen. Im Drusus-Stadion legten die Vertreter der Provinz (Landeshauptmann Arno Kompatscher), der Gemeinde Bozen (Bürgermeister Renzo Caramaschi und Sportassessor Angelo Gennaccaro) und jene des FC Südtirol (Präsident Baumgartner mit Gesellschaftern und Funktionären) den Grundstein des neuen Fußballstadions. Ein historischer Moment für den FCS und des gesamten Südtiroler Fußballs.

Der FC Südtirol hat in den 25 Jahren seines Bestehens viel bewegt und die gesetzten Zielen Schritt für Schritt erreicht. Um diesen wichtigen Meilenstein zweckmäßig zu feiern, entwarf der FC Südtirol gemeinsam mit seinem technischen Ausrüster Mizuno ein ganz besonderes Jubiläumstrikot. Die Inspiration für die Gestaltung liegt im ersten FCS-Spielerdress aus dem Jahre 1995.

Der 24. April 2022 wird als einer der wichtigsten Tage in die Geschichte des FC Südtirol eingehen. Die Weißroten gewinnen die Serie C mit 90 Punkten und nur neun Gegentreffer. Zu Tränen gerührt feierten Kapitän Fink & Co. einen historischen Aufstieg, welcher den FCS erstmals in die 2. Liga führt.

Der FC Südtirol beendet seine allererste Serie B-Meisterschaft auf dem starken 6. Tabellenplatz und qualifiziert sich somit für die Playoffs. Dank des Erfolges gegen Reggina in Runde 1 ziehen die Weißroten ins Halbfinale ein. Im Hinspiel im Drusus-Stadion trifft Rover - in der 92. Spielminute - zum 1:0-Sieg gegen Bari. Der Club aus Apulien gewinnt das Rückspiel - vor rund 51.000 Zuschauern - mit 1 zu 0 und steigt dank der besseren Meisterschaftsplatzierung ins Endspiel auf.