L'FC Südtirol è nato nel 1995 dall’SV Milland, piccola società rionale di Bressanone fondata nel 1974. Con l'idea di fondare una società di calcio professionistica in Alto Adige e a dispetto dello scetticismo iniziale, un gruppo di imprenditori nel 1995 ha intrapreso questa entusiasmante avventura. Dopo il fallimento delle trattative con l'A.C. Bolzano, il gruppo di imprenditori decise di rilevare l’SV Milland. Come primo presidente venne eletto l'architetto Hanns Huber di Casies. La società venne battezzata FC Südtirol Alto Adige e il 1° agosto 1995 ci fu la presentazione ufficiale.

Nel suo primo anno di militanza l'FC Südtirol batte ogni record nel campionato di Promozione, vincendolo con uno score di 26 vittorie, 4 pareggi e nessuna sconfitta. Salito in Eccellenza, il club biancorosso conquista un’altra promozione sensazionale. Il Südtirol vola in serie D vincendo il massimo torneo regionale con 16 vittorie, 13 pareggi e una sola sconfitta.

Il 1° luglio 1997 inizia una nuova era per l'F.C. Südtirol. L'imprenditore edile gardenese Leopold Goller viene eletto nuovo presidente. Del consiglio direttivo fanno parte Angelo Baldassarre, Maurizio Cavallo, Willi Gabalin, Luciano Giua, Sepp Insam, Hermann Larcher, Engelbert Schaller e Horst Seebacher.

Con Giuseppe Sannino in panchina e Luca Lomi capitano e allenatore in campo, l'FC Südtirol vince il campionato con apoteosi finale a Mezzocorona nell’ultima giornata della serie D 1999-2000 grazie al gol vittoria di Girlanda.

Con la promozione fra i professionisti l'F.C. Südtirol diventa la società professionistica più a nord d'Italia. Il salto di categoria comporta al tempo stesso anche il trasferimento nel capoluogo Bolzano, in quanto lo stadio Druso è l'unico impianto della provincia adeguato alla serie C. All'inizio del 2001 vengono conclusi i lavori di ristrutturazione del Druso e la capienza aumenta così a 3.000 persone. L’F.C. Südtirol apre contestualmente a Bolzano una nuova sede, dapprima in via Avogadro 6 e poi in via Cadorna 9/b. 

Goller lascia la presidenza, che viene assunta da Werner Seeber già direttore generale e sportivo. Ma la novità più rilevante è l’ingresso nella dirigenza, nel 2006, di Dietmar Pfeifer, che crea un progetto marketing grazie al quale entrano nuovi soci e partner in società. Viene anche fondato l’ FCD Alto Adige, che è un associazione dilettantistica che sostiene a livello di settore giovanile l' FC Alto Adige Srl, di cui è costola. Presidente dell’FCD Alto Adige viene nominato Engebert Schaller, in seno al club biancorosso dal 1997.

Il 29 marzo 2009, Walter Baumgartner, viene eletto dall'assemblea dei soci come nuovo presidente dell'FC Südtirol. Laureato in economia e commercio, già membro del Consiglio Provinciale di Bolzano e ai vertici dell’Unione commercio, rilleva ai vertici del club biancorosso Werner Seeber, che ha guidato la società per tre anni. Il ruolo di amministratore delegato è ricoperto da Dietmar Pfeifer, mentre il direttore sportivo è Luca Piazzi.

Con in squadra gli altoatesini Fischnaller M., Fink, Scavone, Bacher, Kiem, Fischnaller H., Pfitscher, Mair e Brugger, il nuovo Südtirol sbaraglia la concorrenza, sovverte i pronostici e conquista la promozione in C1. I biancorossi vincono il campionato grazie al successo per 1-0 conquistato al Druso – di fronte ad oltre 3000 tifosi – con il gol-partita di Mattia Marchi al 69’. Il 9 maggio 2010 rimarrà una data storica per il club. 

L’impatto con la C1 è traumatizzante, malgrado un girone d’andata concluso al 6° posto. Nella seconda parte di stagione il Südtirol entra in crisi, finisce ai playout e retrocede al termine di un’incredibile gara di ritorno a Ravenna, con sconfitta all’overtime su calcio di rigore. Una sconfitta maturata in maniera rocambolesca e inimmaginabile, visto che a soli 7 secondi dalla fine, sull'1-1, la squadra allenata al tempo da Maurizio Pellegrino era salva. Al termine di un'azione del Ravenna, fermata con un'uscita bassa da Zomer, lo stesso portiere roveretano, però, reagisce a una provocazione di Lapadula, colpendolo e facendolo cadere a terra. Zomer espulso e rigore del definitivo 2-1 per il Ravenna. Il black-out di Zomer costa la retrocessione all'FCS. 

Nella stagione 2012-2013 la squadra viene affidata a Stefano Vecchi, sotto la cui guida il team biancorosso disputa un ottimo campionato, vince tante partite al Druso e si classifica al 4° posto finale. Un risultato che permette all'Fc Südtirol di partecipare per la prima volta nella sua storia sportiva ai playoff per la promozione in serie B. Nella doppia semifinale contro il Carpi, poi promosso in serie B, i biancorossi perdono al Druso per 2-1 e pareggiano in Emilia per 2-2, venendo così eliminati.

Dopo un periodo di assestamento, la squadra di mister Rastelli inizia a volare, disputando uno straordinario girone di ritorno, con 30 punti raccolti in 15 partite. Uno score che permette a Fink e compagni di classificarsi al 3° posto e di partecipare ai playoff per il secondo anno di fila. Ai quarti di finale, in gara unica al Druso, i biancorossi prevalgono sul Como ai calci di rigore, mentre nella doppia sfida di semifinale superano la Cremonese. In finale, invece, pur sconfitti all’andata per 1-0 al Druso, i biancorossi fanno sognare per 45 minuti, in vantaggio per 1-0 grazie al gol di bomber Corazza. Nella ripresa, però, la Pro Vercelli pareggia e si assicura la promozione in serie B.

La stagione 2016/17 parte con una grande novità per i numerosi appassionati biancorossi: il nuovo logo. La forma tondeggiante, i colori bianco e rosso, il pallone e i rombi non sono cambiati, ma sono stati rivisitati graficamente. La novità è rappresentata dall’aggiunta della scritta Bolzano-Bozen, identificativa della città del capoluogo, dove gioca la squadra e dove risiede la sede della nostra Società.  Il centrocampista Hannes Fink, che solo poche settimane prima aveva prolungato il suo contratto fino al 2019, diventa il nuovo capitano e con la fascia al braccio inizia la sua 14esima stagione in biancorosso.

A inizio stagione l'FC Südtirol affida la panchina a Paolo Zanetti, un mister giovane e alla sua prima esperienza tra i professionisti. Dopo un buon girone d'andata, capitan Fink e compagni iniziano una cavalcata che li porterà fino al secondo posto. È il miglior piazzamento nella storia della società. Nei quarti di finale dei playoff l'FCS supera la Viterbese e si qualifica alle 'Final Four'. Dopo la vittoria biancorossa per 1 a 0 nella gara d'andata a Bolzano, il Cosenza riesce a ribaltare il risultato al ritorno, mettendo a segno la rete decisiva a quattro secondi dal triplice fischio.

Ad inizio anno 2012 è stato deciso che il nuovo centro sportivo dell'FC Südtirol sarebbe sorto a Maso Ronco, nella zona sportiva di Appiano. Dalla progettazione, avvenuta a maggio 2012, all'inaugurazione, tenutasi il 7 aprile 2018, si è lavorato alacremente – sia a livello concettuale che pratico - per quasi sei anni, distribuendo i lavori per lotti e studiando ogni minimo particolare. Il centro sportivo comprende la sede amministrativa, due campi in erba naturale, due campi in erba sintetica e un campetto di dimensioni ridotte, anch’esso in erba sintetica.

Nell'estate 2018 l'FCS riesce ad imporsi sul Venenzia (Serie B) prima e sul Frosinone (Serie A) poi, qualificandosi così al 4° turno di Coppa Italia di Serie A. Nei sedicesimi di finale della competizione nazionale i biancorossi si trovano davanti il Torino sette volte campione d'Italia, tenendo aperta la qualificazione fino agli ultimissimi istanti del match. Questa sconfitta può essere considerata come la più dolce nella storia del club.

Il 15 aprile 2019, i funzionari della Provincia, con in testa il Presidente della Giunta Provinciale, Arno Kompatscher, il Comune di Bolzano, col Sindaco Renzo Caramaschi e l'Assessore allo Sport Angelo Gennaccaro, e l'FC Südtirol, rappresentato dal Presidente Walter Baumgartner e da altri dirigenti del nostro Club, si sono riuniti al "Druso" per la cerimonia della posa simbolica della prima pietra del nuovo stadio di viale Trieste. Un momento storico per il movimento calcistico bolzanino e altoatesino, ma anche una... pietra miliare nella storia del nostro Club.